Im Nordwesten grenzen der Hochkalterstock und der Watzmann, nordöstlich das Hagengebirge und südöstlich der Hochkönig an das Gebirge. Es ist mit einer Fläche von rund 160 km² der größte Gebirgsstock der Berchtesgadener Alpen. 55 km² befinden sich oberhalb 2000 Meter Meereshöhe. Gegen Süden fällt das Gebirge steil ins Saalfeldner Becken ab. Unmittelbar am Fuße seiner Nordabstürze befindet sich der Königssee.
Die bayerischen Teile des Steinernen Meers gehören zum Nationalpark Berchtesgaden, die österreichischen zum Naturschutzgebiet Kalkhochalpen.
Dachsteinkalk und Karsterscheinungen prägen das Landschaftsbild. Etwa 800 Karsthöhlen wurden bisher im Steinernen Meer erfasst. Typisch ist auch der ausgeprägte Hochflächencharakter des Steinernen Meers oberhalb einer Höhe von 2000 Metern, der sich anhand zweier Parameter mit Zahlen belegen lässt: Erstens weisen 50 – also fast alle – Gipfel eine Höhe von 2000 bis 2600 m auf, nur rund zehn Gipfel sind niedriger; die durchschnittliche Prominenz und Dominanz der Gipfel ist niedrig; nur wenige Berge heben sich markant von der Hochfläche ab.
Im Großen und Ganzen fällt die Hochfläche von Süden nach Norden ab. Im Norden gab es früher eine Reihe von Almen, die heute allesamt aufgelassen sind (z. B. die Oberlahneralm).
Der Funtensee in einem Talkessel inmitten des Steinernen Meers ist als Deutschlands Kältepol bekannt geworden.
Seit dem 17. Jahrhundert wird jährlich am 24. August, dem Bartholomäustag, die Almer Wallfahrt von Maria Alm nach St. Bartholomä am Königssee begangen. Der Pilgerweg, der das Steinerne Meer von Süd nach Nord durchquert (über das Riemannhaus, das Kärlingerhaus und durch die Saugasse), ist aus örtlichem Naturstein sorgfältig ausgebaut worden; der heutige Erhaltungszustand ist sehr ungleichmäßig.
Persailhorn (links), Mitterhorn(Bildmitte) und Gratausläufer des Breithorns
Der markanteste und zugleich bekannteste Gipfel des Steinernen Meers ist die am Südrand auf der Pinzgauer Seite gelegene Schönfeldspitze (2653 m), deren Gipfelpyramide auch von Berchtesgaden aus sichtbar ist und zu den Wahrzeichen des Berchtesgadener Landes zählt. Das weniger bekannte Selbhorn (2655 m) ist der höchste Gipfel des Steinernen Meeres. Weitere hohe und bekannte Gipfel sind das Brandhorn (2610 m), welches den „Knotenpunkt“ des Berchtesgadener Lands mit dem Pinzgau und Pongau bildet; der Große Hundstod (2593 m), der Funtenseetauern (2578 m) und das Breithorn (2504 m).
Wenn man eine Schartenhöhe von 30 Metern als Kriterium bei der Zählung der Gipfel anlegt, gibt es im Steinernen Meer mindestens 63 Gipfel. 47 Gipfel haben eine Schartenhöhe von mindestens 50 Metern, 22 Gipfel haben eine Schartenhöhe von über 100 Metern, nur fünf Gipfel haben eine Schartenhöhe von über 200 Metern.
Gut 20 Gipfel sind mit einem markierten Wanderweg oder -steig erschlossen. So konzentriert sich die touristische Nutzung auf einige wenige Ziele, manche Gipfel werden nur selten bestiegen.
Die bedeutendsten Erhebungen des Steinernen Meers, geordnet nach der Höhe:
Die bedeutendsten Erhebungen des Steinernen Meers, geordnet nach der Prominenz oder Schartenhöhe und nach der Dominanz:
Selbhorn, 5,1 km
Großer Hundstod, 4,5 km
Funtenseetauern, 3,95 km
Breithorn, 2,45 km
Brandhorn, 2,4 km